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进入20世纪以来，随着农作物新品种权保护工作的逐步规范，国内种子企业间的竞争，已从单纯的质量和价格的竞争向品种权垄断方向发展。公司在做好新品种买断经营权和协作开发的同时，大力开展自主研发。
现已建成白马湖农科所水稻、小麦育种基地，泗洪大华玉米育种基地、湖西农科所小麦育种基地及海南繁种加代基地。在省内从南到北不同的生态区域，共分布有大华新品试验点17个。
现已育成拥有自主知识产权的新品种14个：包括杂交籼稻：Ⅱ优118、天优218；常规糯稻：大华香糯；常规粳稻：华粳1号、华粳2号、华粳3号、华粳4号、华粳5号；杂交玉米：华单1号、大华玉2号、华糯(玉)1号、华甜(玉)1号；常规小麦：华麦1号；合作开发杂交油菜：中油杂2号。近两年又有不少的水稻、玉米、小麦、油菜方面的新组合进入省品比试验或生产试验。随后的几年中，将不断有更优良的新品种通过江苏省审定。
科技人员晾晒选种材料
育种人员在选种
种植的水稻育种材料
“水稻‘小穗头’成因及其控制技术的应用”项目
荣获江苏省2006年度科技进步三等奖
由江苏省大华种业集团有限公司主持实施的“水稻‘小穗头’成因及其控制技术的应用”研究项目获江苏省2006年度科技进步三等奖。
该项目由江苏省大华种业集团有限公司自筹资金、自主立项，联合科研、教学和推广单位协同攻关。项目实施中，承担单位将各自具备的行业优势、专业优势和
学科优势凝聚成研究优势、生产优势和推广优势，在困难较大、投入较少、周期较短的情况下，获得了突破性研究进展，并将研究成果直接、快速、有效地应用于省内、外大面积生产，有效地控制了水稻“小穗头”的发生与危害。该项目研究结论明确，观点新颖，技术有效，有明显创新，部分研究结论国内、外尚未见报道。研究成果已在江苏、安徽和上海等地大面积推广应用，至2005年，该成果累计推广面积3445万亩，挽回稻谷损失13.78亿公斤，增收21.6452亿元，产生了巨大的社会经济效益，对江苏乃至我国的农业科学技术进步和农业生产发展起到了积极推动作用。
2004年10月省农科院、南农大、省农林厅、扬州大学的植保栽培等学科专家在南通农场考查水稻“小穗头”防治实验、示范现场
武
粳13“小穗头”
与正常穗比较
泗洪县孙袁镇农民种植的武运粳8号“小穗头”现场
通州市武粳13水稻“小穗头”危害现场
四个不同遗传背景品种的干尖线虫危害症状比较
江苏水稻主栽品种武育粳3号“小穗头”与
正常穗形态比较
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学科优势凝聚成研究优势、生产优势和推广优势，在困难较大、投入较少、周期较短的情况下，获得了突破性研究进展，并将研究成果直接、快速、有效地应用于省内、外大面积生产，有效地控制了水稻“小穗头”的发生与危害。该项目研究结论明确，观点新颖，技术有效，有明显创新，部分研究结论国内、外尚未见报道。研究成果已在江苏、安徽和上海等地大面积推广应用，至2005年，该成果累计推广面积3445万亩，挽回稻谷损失13.78亿公斤，增收21.6452亿元，产生了巨大的社会经济效益，对江苏乃至我国的农业科学技术进步和农业生产发展起到了积极推动作用。
